Die General Assembly (GA, zu dt. Generalversammlung) ist das höchste Entscheidungsgremium der EMSA, ihre unbedingte Abhaltung ist in den Statuten festgehalten. Es finden zwei General Assemblys pro Jahr statt: eine Spring Assembly (SA), die meistens im April stattfindet und eine Autumn Assembly (AA), die meistens im September stattfindet. Für die Abhaltung einer General Assembly kann sich eine FMO, also die Vertretung einer Fakultät, im Vorhinein auf einer anderen General Assembly bewerben. Bei den Treffen der EMSA treffen sich in der Regel rund 300 Medizinstudierende aus ganz Europa sowie Vertreterinnen und Vertreter anderer Partnerorganisationen. Die General Assemblys dauern normalerweise 5-7 Tage, innerhalb deren man eine Vielzahl an Programmpunkten hat. In Plenarsitzungen werden interne Anträge behandelt, in Workshops und Trainings kann man die eigenen Softskills erweitern, in den sogenannten Pillar Sessions beschäftigt man sich intensiv mit der inhaltlichen Arbeit der EMSA, bei Symposiums-Vorträgen stellen externe Vortragende interessante neue Themen vor und nicht zuletzt hat man beim Social Programme Zeit, die neuen internationalen Freundschaften auszubauen. Bei den Versammlungen knüpft man internationale Kontakte, entwickelt die eigenen Softskills weiter, arbeitet an den eigenen (medizinischen) Englischfertigkeiten und sammelt eine Menge Input und Motivation für die Arbeit bei der AMSA.

Twinnings sind eine Form des Kurzaustauschs mit einer anderen Faculty Member Organisation (FMO). Das Ziel dies Projekts ist es zwei FMOs in besonders intensivem Kontakt als „Zwillinge“ miteinander zu verbinden und sich auf einer kulturellen, sozialen und edukativen Basis auszutauschen. Hierbei sendet eine der FMOs eine kleine Delegation an Studierenden für etwa eine Woche in die Stadt der Zwillings-FMO. Dort wird diesen in dieser Woche ein Rahmenprogramm geboten, welches sowohl Programmpunkte im Bereich der medizinischen Aus- und Weiterbildung beinhaltet als auch die Möglichkeit bietet, die lokale Stadt und Kultur durch die Augen der Einheimischen kennenzulernen. Einige Wochen später empfängt dann die andere FMO eine Delegation in ihrer eigenen Heimatstadt.

Training Center of Excellence Das Training Center of Excellence dient der Ausbildung neuer Trainerinnen und Trainer. Ein Trainer ist eine Person, die eine Ausbildung erhalten hat, anderen Leuten Softskills im Rahmen von Workshops zu vermitteln. Die Training Centers of Excellence Veranstaltungen bestehen aus zwei Teilen. Zuerst bekommt man innerhalb von fünf Tagen die Fähigkeiten vermittelt, die man braucht, um selbst zur Trainerin oder zum Trainer zu werden. Danach hat man direkt die Möglichkeit, die neu erworbenen Fertigkeiten auszuprobieren, indem man sein erstes eigenes Training abhält.